AFURÐ notar vefkökur (e. cookies) sem eru litlar textaskrár geymdar á tölvu notandans. Með því að samþykkja notkun á vefkökum heimilar notandinn Matvælastofnun að safna saman upplýsingum um notkun hans á vefjum stofnunarinnar. Einungis Matvælastofnun og notandinn sjálfur hafa aðgang að skránum.
Vefkökur eru notaðar til að geyma upplýsingar um t.d. hvort notandi hefur áður heimsótt síðuna, hversu lengi hann var á síðunni og frá hvaða vefsvæði notandinn kom. Vefkökur geta innihaldið persónulegar upplýsingar. Notendur vefsins geta að sjálfsögðu stillt vafra sína þannig að þeir láti vita af kökum eða hafni þeim með öllu. Leiðbeiningar um stillingar á vefkökum. Matvælastofnun notar vefkökur til að þróa afurd.is og aðrar vefsíður í umsjón Matvælastofnunar þannig að bæta megi þjónustu við notendur.
Þegar notandi kemur inn á vefinn eru nokkur atriði skráð, s.s. tími og dagsetning, leitarorð, frá hvaða vef er komið, og gerð vafra og stýrikerfis. Þessar upplýsingar má nota við endurbætur á vefnum og þróun hans.